小霞派出了海星星、宝石海星、角金鱼，小智则派出了杰尼龟，至于暴鲤龙身躯过于巨大不方便行动，四宠出来后便去救人了。
小智三人在附近找了小艇，将落水的行人都救上来。救上来的人告知三人去找这海上的艇长
小智三人便去找艇长，艇长是一位年老古稀、性情古怪的老婆婆。她是这附近最有钱的房产商人，海上那超级豪华的旅馆和饭店都是她的产业。
她的产业侵占了玛瑙水母们生存的领地，所以这些引起了玛瑙水母们的反击。她将责任全部推给了玛瑙水母的责任，她拜托小智三人赶出这些令人讨厌的生物，给与他们财富、食物
小霞听闻后非常生气，拒绝出手帮助，小智两人面面相觑连忙跟上。见小智等人不帮忙，婆婆用金钱的魅力号召码头上的居民，受到了所有居民们的疯狂参与。
玛瑙水母的领地上聚集了大量的人类进行破坏，玛瑙水母们当然也不会坐以待毙，它们全部积聚起来，在它们的首领-毒刺水母的带领上向人类进行反击。
巨大的毒刺水母出现在岸边，很快引起了人们的恐慌。它长长的八爪触手驱赶着人们，婆婆开出坦克车攻击，结果被毒刺水母击败。
毒刺水母告诉人们，人类破坏了它们居住的地方，它们也要报复人类。让人类也知道失去家园的痛苦，说完它和它的手下们破坏着城市。
那只出现的墨海马出来劝说毒刺水母，被仇恨蒙蔽双眼的毒刺水母根本不停墨海马的劝说，将它抽飞，大肆破坏城镇起来，小智三人才明白当初墨海马的用意
小智不能坐视不理，派出了手上的皮卡丘、杰尼龟、妙蛙种子去阻止毒刺水母和玛瑙水母们，皮卡丘、杰尼龟、妙蛙种子各自使用自身技能阻止了大量的玛瑙水母的破坏。
可惜数量众多，小智他们也有些吃力。皮卡丘它们也不是巨大的毒刺水母的对手，最后在皮卡丘的劝说和小霞真诚的话语打动，毒刺水母才善罢甘休的带着玛瑙水母们离开了
但不知好歹的婆婆还对毒刺水母攻击，被毒刺水母用触手拍飞了，就这样小智三人化解了码头的危机，乘船离开了